中山大學管理學術中心 ，為本校編制內研究一級中心，宗旨為促進國內外學術交流，整合並支援管理學院之教學研究，以提昇管理學術水準。加強企業管理之學術研究，以增進公民營企業經營效能。倡導公共政策與行政管理之學術研究，以提高政府決策與施政績效。接受政府及工商界之委託，提供有關公共政策與企業管理問題之諮詢與研究。

智慧電子商務研究中心 ，於1999年成立，為台灣第一個電子商務及資訊研究中心，自2006起獲教育部邁向頂尖大學計畫及高 教深耕計畫補助之重點領域頂尖研究中心，中心目標為將人工智能和資訊技術應用於最先進的服務創新和提高組織績效方面進行頂尖研究。 IECRC 被評為全球十大電子商務研究中心之一，並擁有一個產業聯盟，與產業建立密切聯繫。

創意與創新研發中心 ，為本校任務編組一級研究中心，宗旨在推動並輔以國際間之經驗相互交流，積極培育臺灣產、官、學界對於想像力及未來思考的偉大遠景。並為促進創新議題之研究，推動學界與實務界之開發合作，其任務如後：進行創新專案計畫推動之業務，提昇產業創新能力之發展與學術水準，建設亞太地區領導性之創新研發重鎮。

社會企業發展研究中心 ，於2012年成立，為本校任務編組二級中心，宗旨以研究創新、社會責任及經濟產業發展的角度，透過整合跨領域資源，解決社會議題，改善社會生活環境品質，提升人民生活福祉，達成建構社會企業的目標。

NSYSU TEEP中心 ，於2013年成立，為本校任務編組二級中心，宗旨為整體研究國際青年白領人才的移動力，以引進外籍優秀人才協助台灣中小企業開拓國際市場以及輔導國內優秀學子赴海外機構實習為目的。