公事所碩士生申請政治所雙主修者，須修讀政治所開設課程至少12學分，包括自三大課群（「政治理論」、「比較政治」、「國際關係」）中擇兩大課群各修一科共6學分、自由選修專業課群二科共6學分。經核准修讀雙主修之學生須擇定雙方各一位專任教師為共同指導教授，並應註明主指導教授及協同指導教授，論文主題與內涵應符合雙方之學術領域。